909 AMINOSIdentificadores de péptidos: secuencia, fórmula, peso molecular y número CAS
El nombre de un producto por sí solo no define un compuesto. La secuencia, la fórmula molecular, el peso molecular y el número CAS son los identificadores estándar que usan los laboratorios para confirmar qué compuesto se supone que es un material.
- Los nombres varían entre proveedores; los identificadores estándar indican de qué molécula se trata.
- El peso molecular promedio (g/mol) se usa para pesar; la masa monoisotópica se usa en la espectrometría de masas de alta resolución.
- Un péptido libre y sus sales pueden tener pesos distintos y, a veces, números CAS distintos, por lo que conviene verificar a qué forma se refiere un valor.
- Los identificadores indican lo que un compuesto debería ser. Si una muestra es coherente con ello es una cuestión de la prueba de identidad.
- Los identificadores
- Cómo leer una secuencia
- Ejemplos prácticos
- Péptido libre vs. sal
- Prueba de identidad
- Lista de verificación
- Preguntas frecuentes
El nombre de un producto por sí solo no define un compuesto. Los nombres varían entre proveedores, y nombres parecidos pueden referirse a moléculas distintas. Los laboratorios usan un pequeño conjunto de identificadores estándar para confirmar con exactitud qué compuesto se supone que es un material. Esta página explica cada uno y cómo verificarlo.
1Los identificadores
| Identificador | Qué indica | Dónde verificarlo |
|---|---|---|
| Secuencia | Los aminoácidos en orden, en código de una o de tres letras, más los grupos terminales o modificaciones | UniProt (péptidos naturales), PubChem, la literatura científica |
| Fórmula molecular | El número de átomos de cada elemento en una molécula | PubChem |
| Peso molecular (masa promedio) | La masa de una molécula promediada según la mezcla natural de isótopos, en g/mol; se usa para pesar y calcular cantidades | PubChem |
| Masa monoisotópica | La masa calculada usando solo el isótopo estable más ligero de cada elemento (carbono-12, hidrógeno-1, nitrógeno-14, etc.) | PubChem |
| Número de registro CAS | Un número único que asigna CAS a una sustancia específica | PubChem, CAS SciFinder |
| CID de PubChem / UNII | Identificadores de bases de datos que remiten a los registros anteriores | PubChem, el registro de sustancias de la FDA |
El código de producto propio de un proveedor (por ejemplo, los códigos "909A-" de 909) es un código interno de catálogo, no un identificador químico.
2Cómo leer una secuencia
M = metionina, R = arginina, W = triptófano, K = lisina, etc.
"H-…-OH" indica una amina N-terminal libre y un ácido C-terminal libre. "-NH2" al final indica una amida C-terminal. Estos grupos cambian la fórmula y el peso.
Las modificaciones, como un grupo acilo añadido en el extremo N-terminal, forman parte de la identidad del compuesto y se incluyen en su fórmula y su número CAS.
3Dos ejemplos prácticos
| MOTS-c | Tesamorelina | |
|---|---|---|
| Forma | Péptido libre, ácido C-terminal libre (H-…-OH), neutro; sin sal | Péptido libre, amida C-terminal, neutro; sin sal |
| Secuencia | MRWQEMGYIFYPRKLR (16 aminoácidos) | trans-3-hexenoyl- (GHRH 1-44 con un grupo acilo N-terminal y una amida C-terminal) |
| Fórmula molecular | C101H152N28O22S2 | C221H366N72O67S |
| Peso molecular (promedio) | 2174.6 g/mol | 5136 g/mol |
| Masa monoisotópica | 2173.108 Da | 5132.717 Da |
| Número de registro CAS (según figura en PubChem) | 1627580-64-6 | 218949-48-5 |
| CID de PubChem | 146675088 | 16137828 |
Fuentes: registros de PubChem de cada CID; secuencia de MOTS-c de UniProt A0A0C5B5G6; residuos de GHRH 1-44 de UniProt P01286.
La secuencia de la tesamorelina se comprueba mediante la fórmula: los residuos de GHRH 1-44 más el grupo hexenoilo y la amida C-terminal dan exactamente C221H366N72O67S.
Los valores corresponden al péptido libre, no a una sal. Los números CAS son los que figuran en PubChem y no se han confirmado directamente con CAS.
4Péptido libre vs. sal
Las bases de datos suelen tener entradas separadas para un péptido y sus sales (por ejemplo, una sal de trifluoroacetato o de acetato), cada una con su propio peso molecular y, a veces, su propio número CAS.
Al comparar un peso molecular, verifique a qué forma se refiere. Consulte Acetato vs. TFA: qué significa la forma salina de un péptido.
5Relación entre los identificadores y la prueba de identidad
Los identificadores indican lo que un compuesto debería ser. La prueba de identidad verifica si una muestra es coherente con ello:
Comparados con un estándar de referencia (el método de los certificados de KMD de 909), aportan evidencia de apoyo de la identidad.
Mide relaciones masa/carga. Un péptido suele aparecer en varios estados de carga, por lo que el resultado primero se convierte de nuevo en una masa neutra y luego se compara con el valor calculado a partir de la fórmula.
El valor calculado que se usa depende de la resolución del instrumento:
Cuando se resuelven los picos isotópicos individuales, el pico monoisotópico observado se compara con la masa monoisotópica.
Cuando no se resuelven (lo más común en péptidos más grandes), se compara la masa promedio.
Un resultado de EM útil indica la masa observada, la masa teórica y de qué tipo es, y la tolerancia.
Consulte Prueba de identidad: tiempo de retención y UV vs. espectrometría de masas para saber qué establece cada método.
6Lista de verificación
- ¿La documentación proporciona una secuencia (con grupos terminales) o una estructura, y no solo un nombre?
- ¿La fórmula y el peso molecular coinciden con una entrada de una base de datos pública?
- ¿Se indica un número CAS y corresponde a la misma forma (péptido libre o sal)?
- ¿El método de identidad del certificado realiza la prueba frente a ese compuesto?
?Preguntas frecuentes
¿Un número CAS demuestra que un material es ese compuesto?
No. Un número CAS identifica qué sustancia se afirma que es un material. Si una muestra es coherente con ello es una cuestión de la prueba de identidad.
¿Por qué dos fuentes indican pesos moleculares ligeramente distintos?
Pueden referirse a formas distintas (péptido libre o sal), indicar la masa promedio o la monoisotópica (para MOTS-c, 2174.6 vs. 2173.108) o redondear de manera diferente.
¿Dónde puedo verificar estos identificadores de forma gratuita?
PubChem (pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) incluye la fórmula, los pesos, los sinónimos y los números CAS. UniProt incluye las secuencias de los péptidos de origen natural.
Fuentes
- PubChem CID 146675088 (MOTS-c)
- PubChem CID 16137828 (tesamorelina)
- UniProt A0A0C5B5G6 (secuencia de MOTS-c)
- UniProt P01286 (precursor de GHRH)
Las fuentes se citan como referencia. Sus editores no han revisado ni respaldado esta guía.
Solo para investigación de laboratorio. No apto para uso humano ni veterinario. No aprobado por la FDA.